💻 ¡Clase Gratuita Online! ¿Tu computadora ya no es suficiente? Introducción práctica a supercomputadoras para simulación molecular
💻 ¡Clase Gratuita Online! ¿Tu computadora ya no es suficiente? Introducción práctica a supercomputadoras para simulación molecular
En bioinformática estructural y simulación molecular, algunos análisis pueden demandar más tiempo o recursos computacionales de los que una computadora personal puede ofrecer.
Cuando esto ocurre, los clústeres de supercomputación permiten trasladar determinados flujos de trabajo a entornos diseñados para ejecutar tareas científicas con mayores recursos de cómputo.
Pero trabajar en una supercomputadora implica una forma diferente de organizar y ejecutar los análisis: es necesario comprender cómo está estructurado un clúster, cómo acceder a un entorno remoto, cómo organizar los archivos y cómo enviar y supervisar tareas computacionales.
En esta clase gratuita conocerás un flujo introductorio y práctico para comenzar a comprender el uso de supercomputadoras aplicadas a simulación molecular.
Durante la sesión veremos cómo pasar de una computadora personal a un entorno remoto, trabajar con conceptos básicos de Linux y Bash, preparar una tarea computacional y ejecutar un job dentro de un clúster.
Además, realizaremos una actividad replicable para comprender la estructura básica de un script Bash y modificar elementos como archivos de entrada, carpetas de resultados y comandos de ejecución.
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¿Qué verás en esta clase?
• Qué es un clúster de supercomputación.
• Diferencias entre nodos de acceso y nodos de cómputo.
• Por qué análisis como docking y dinámica molecular pueden beneficiarse de estos recursos.
• Flujo básico para pasar de una computadora personal a un entorno remoto.
• Organización de archivos para un proyecto computacional.
• Introducción al trabajo desde Linux.
• Acceso remoto mediante SSH.
• Preparación de una tarea computacional.
• Ejecución de un job dentro de un clúster.
• Seguimiento del estado de una tarea.
• Estructura básica de un script Bash.
• Organización de archivos de entrada y resultados.
• Automatización básica de comandos.
Actividad replicable
Durante la clase trabajarás con un script corto en Bash.
La actividad consistirá en identificar o modificar elementos como:
→ nombre del archivo de entrada
→ carpeta de resultados
→ comando de ejecución
El objetivo será comprender cómo los scripts pueden ayudar a organizar y reproducir tareas computacionales dentro de un flujo científico.
A tomar en cuenta
💻 Modalidad: Virtual
⏱️ Duración aproximada: 75 a 90 minutos.
🎓 Nivel introductorio con enfoque práctico.
✅ No se requiere experiencia previa utilizando clústeres de supercomputación.
✅ Se recomienda familiaridad básica con archivos, carpetas y comandos de computadora.
✅ Los conceptos necesarios de Linux y Bash serán introducidos durante la sesión.
La clase está dirigida especialmente a estudiantes, tesistas, investigadores y profesionales interesados en docking molecular, dinámica molecular, bioinformática estructural y otros análisis computacionalmente intensivos.
Fecha y horarios
📅 Domingo 11 de octubre
🇲🇽 México: 6:00 p. m.
🇵🇪 Perú | 🇨🇴 Colombia | 🇪🇨 Ecuador: 7:00 p. m.
🇧🇴 Bolivia | 🇻🇪 Venezuela: 8:00 p. m.
🇨🇱 Chile | 🇦🇷 Argentina: 9:00 p. m.
Dinámica
Comenzaremos comprendiendo qué es un clúster de supercomputación, cómo se estructura y qué diferencia existe entre trabajar directamente en una computadora personal y ejecutar tareas en un entorno remoto.
Luego revisaremos cómo organizar los archivos de un proyecto, trabajar desde Linux y acceder a un entorno remoto.
Durante la demostración veremos cómo se prepara, envía y supervisa una tarea computacional dentro de un clúster.
Finalmente, trabajaremos con la estructura básica de un script Bash, identificando y modificando variables relacionadas con los archivos de entrada, los resultados y los comandos necesarios para ejecutar una tarea.
Al finalizar tendremos un espacio para preguntas y respuestas.
👨🏫 Instructor: Edinson Gervacio Villarreal
Investigador RENACYT, genetista y biotecnólogo por la Universidad Nacional Mayor de San Marcos (UNMSM), especializado en bioinformática estructural, biología computacional y biofísica computacional.
Cuenta con experiencia en investigaciones sobre modelamiento molecular, descubrimiento computacional de compuestos bioactivos y mecanismos de inhibición proteica, desarrolladas en colaboración con la Universidade Federal de Alfenas (UNIFAL-MG), Brasil.
Posee experiencia en cómputo de alto rendimiento (HPC), automatización de simulaciones biomoleculares y desarrollo de flujos de trabajo computacionales.
Actualmente desarrolla actividades de investigación en el Laboratorio de Microbiología Molecular y Biotecnología de la UNMSM y complementa estas actividades con experiencia docente en bioinformática estructural, simulación molecular y áreas afines.
💬 ¿Tienes preguntas?
Podrás dejarlas en el chat del evento y las responderemos durante la sesión.
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