​🧬 ¡Clase Gratuita Online! Valida interacciones proteína-ligando con GROMACS e Inteligencia Artificial

​Obtener una pose mediante docking es solo el comienzo. Para determinar si un ligando mantiene su interacción con una proteína, es necesario analizar su comportamiento a lo largo del tiempo mediante simulaciones de dinámica molecular.

​En esta clase gratuita conocerás cómo integrar docking con inteligencia artificial, preparación de sistemas proteína-ligando, simulaciones en GROMACS y análisis de trayectorias moleculares para estudiar la estabilidad estructural de un complejo.

​Aprenderás a interpretar análisis como RMSD, RMSF y contactos moleculares, además de visualizar el comportamiento del ligando utilizando herramientas como VMD y PyMOL. Estos análisis permiten transformar una simulación en evidencia útil para proyectos, tesis e investigaciones en descubrimiento de fármacos.

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​¿Qué verás en esta clase?

​• Fundamentos de bioinformática estructural y dinámica molecular.
• Representación de proteínas, ligandos y complejos biomoleculares.
• Etapas de una simulación: preparación, minimización, equilibración y producción.
• Preparación de sistemas proteína-ligando con GROMACS y CHARMM36.
• Docking molecular asistido por inteligencia artificial con DiffDock.
• Análisis de estabilidad mediante RMSD y RMSF.
• Evaluación de contactos proteína-ligando.
• Visualización e interpretación de trayectorias con VMD y PyMOL.

​A tomar en cuenta

​🖥️ La clase se realizará en vivo mediante Google Meet.

​🗓️ Revisa el horario correspondiente a tu país y agrégalo a tu calendario.

​📝 Ten a mano tu aplicación de notas para registrar los conceptos y recomendaciones de la sesión.

​🔬 No necesitas experiencia avanzada en GROMACS. La clase está dirigida a estudiantes, tesistas, investigadores y profesionales interesados en simulación molecular, bioinformática estructural y descubrimiento computacional de fármacos.

​Dinámica

​Durante la sesión exploraremos el flujo de trabajo de un sistema proteína-ligando, desde la obtención de una estructura inicial mediante docking con inteligencia artificial hasta su preparación, simulación y análisis en GROMACS.

​Conocerás cómo interpretar la estabilidad del complejo, la flexibilidad de la proteína y la permanencia de los contactos moleculares. Al finalizar, tendrás un espacio de preguntas y respuestas para resolver tus dudas.

​👨‍🏫 Docente: Emilio Paredes Solis

​Maestrando en Computer Science en la Universidad Nacional de San Agustín, con experiencia en biología estructural, biofísica computacional y simulaciones de dinámica molecular aplicadas a sistemas biomoleculares.

​Realizó una estancia de investigación en InnovaLab, perteneciente al Instituto de Medicina Tropical Alexander von Humboldt de la Universidad Peruana Cayetano Heredia, y ha desarrollado actividades de investigación vinculadas al Wishart Lab de la University of Alberta, Canadá.

​Su trabajo integra herramientas como GROMACS, VMD, PyMOL, Avogadro, DiffDock y gmx_MMPBSA, junto con enfoques de inteligencia artificial aplicados al descubrimiento de fármacos y al análisis de interacciones moleculares.

​💬 ¿Te surgen dudas? Podrás dejarlas en el chat del evento y las responderemos durante la sesión.

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