🦠 ¡Clase Gratuita Online! Explorando el microbioma: análisis y visualización de datos metagenómicos con R
🦠 ¡Clase Gratuita Online! Explorando el microbioma: análisis y visualización de datos metagenómicos con R
Los estudios del microbioma pueden generar grandes tablas que contienen información sobre la abundancia de numerosos microorganismos en diferentes muestras. Antes de interpretar estos resultados es necesario comprender cómo están organizados los datos, qué microorganismos predominan y cómo puede compararse la composición de distintas comunidades.
En esta clase gratuita conocerás de manera visual y práctica un flujo introductorio para analizar datos del microbioma utilizando R, desde la organización de tablas de abundancia y taxonomía hasta la generación de visualizaciones que permitan comparar muestras y grupos experimentales.
También exploraremos conceptos fundamentales de abundancia relativa y diversidad microbiana, incluyendo una introducción a riqueza, índices de Shannon y Simpson, diversidad alfa y diversidad beta. Para el análisis utilizaremos herramientas del ecosistema de R como Tidyverse, ggplot2 y microeco.
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¿Qué verás en esta clase?
Qué es el microbioma y qué información obtenemos de un estudio metagenómico.
Conceptos básicos de abundancia y taxonomía microbiana.
Organización de una tabla de abundancias.
Relación entre muestras, microorganismos y metadatos.
Diferencias entre abundancia absoluta y relativa.
Exploración inicial de datos del microbioma en R.
Introducción al paquete microeco.
Identificación de taxones predominantes.
Comparación inicial entre muestras y grupos experimentales.
Cálculo y visualización de abundancias relativas.
Construcción de gráficos de barras apiladas.
Agrupación por niveles taxonómicos.
Concepto de diversidad microbiana.
Introducción a diversidad alfa.
Riqueza e índices de Shannon y Simpson.
Introducción a diversidad beta.
Integración de visualizaciones e interpretación biológica inicial.
A tomar en cuenta
📅 Lunes, 12 de Octubre
🕖 🇵🇪 Perú | 🇨🇴 Colombia | 🇪🇨 Ecuador: 7:00 p. m.
🇧🇴 Bolivia | 🇻🇪 Venezuela: 8:00 p. m.
🇨🇱 Chile | 🇦🇷 Argentina: 9:00 p. m.
🖥️ Modalidad: Virtual
💻 Trabajaremos utilizando Google Colab / RStudio, R, Tidyverse, ggplot2 y microeco.
🦠 Se utilizará un conjunto demostrativo compuesto por tablas de abundancia, taxonomía y metadatos de muestras.
✅ No se requiere experiencia previa en análisis metagenómico.
✅ No se requiere experiencia avanzada en R.
Se recomiendan conocimientos básicos de biología, microbiología o ciencias biomédicas.
Dinámica
Comenzaremos comprendiendo cómo se representa un microbioma computacionalmente y cómo se relacionan las muestras, los microorganismos, la taxonomía y los metadatos experimentales.
Después utilizaremos R para explorar los microorganismos presentes, identificar taxones predominantes y transformar abundancias para facilitar su interpretación.
A continuación, construiremos visualizaciones de abundancia relativa y composición taxonómica, comparando distintas muestras o grupos.
Finalmente, introduciremos conceptos de diversidad alfa y beta y veremos cómo combinar las visualizaciones y métricas obtenidas para realizar una interpretación inicial de las comunidades microbianas.
Al finalizar tendremos un espacio de preguntas y respuestas.
👨🏫 Docente: Luis Alejandro Pérez Timaná
Genetista y biotecnólogo por la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, con experiencia en programación aplicada a las biociencias, bioinformática y análisis de datos multi-ómicos.
Sus áreas de interés incluyen biología computacional, genética molecular, análisis de datos genómicos y desarrollo de herramientas computacionales aplicadas a problemas biológicos.
💬 ¿Tienes preguntas?
Podrás dejarlas en el chat del evento y las responderemos durante la sesión.
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